Pojedinosti o zapisu

Računalno predviđanje utjecaja 5'-UTR varijanata gena BRCA2 na sekundarnu strukturu mRNA molekule

FULIR

Vidi informacije o repozitoriju  Pogledaj original
 
Polje Vrijednost
 
Relacija http://fulir.irb.hr/302/
 
Naslov Računalno predviđanje utjecaja 5'-UTR varijanata gena BRCA2 na sekundarnu strukturu mRNA molekule
 
Autor Ozretić, Petar
Sabol, Maja
Diana , Car
 
Tema Human Genetics, Genomics and Proteomics
 
Opis BRCA1 i BRCA2 su glavni geni odgovorni za nasljedni karcinom dojke i jajnika i njihove mutacije povećavaju rizik pojave raka. Genetičko testiranje se učestalo provodi ali je približno polovica pronađenih promjena označeno kao varijante nepoznatog kliničkog značaja. Tumačenje neklasificiranih varijanata je glavni problem kod procjene rizika prilikom genetičkog savjetovanja, te se zato koristite različite računalne metode za brzu procjenu njihovog kliničkog značaja. Većina alata predviđa učinak varijanata u kodirajućim regijama ili na granicama eksona-introna. Cilj nam je pronaći prikladnu računalnu metodu procjene štetnosti varijanata u 5' netranslatirajućoj regiji (5' NTR). Kako funkcioniranje NTR-ova osim o nukleotidnom slijedu ovisi i o sekundarnoj strukturi, naša pretpostavka je da štetne NTR varijante remete podstrukture potrebne za regulaciju sinteze proteina. Konsenzus struktura 5' NTR regije gena BRCA2 izgrađena je korištenjem algoritama za predviđanje sekundarne strukture na temelju sekvenci četiri različite vrste organizama. Konsenzus struktura je korištena jer je vjerojatnije da su evolucijski sačuvane strukture funkcionalne. Učinak varijanata je istražen tako da se u ljudsku sekvencu 5' NTR regije gena BRCA2 uključi po jedna varijanta, te se zatim njena sekundarna struktura predviđa korištenjem konsenzus strukture kao kalup. Ako je tako predviđena struktura znatno različita od konsenzusne, ta varijanta može imati funkcionalni značaj. Od 13 pronađenih, varijante c.-26G>A, c.-26G>C, c-26G>T i c.-12T>C najviše remete konsenzus strukturu. Kao što su Gochhait i sur. (2007) pokazali za varijantu c.-26G>C, i ostale tri varijante bi mogle destabilizirati strukture ispred mjesta početka sinteze proteina BRCA2 i time povećati učinkovitost njegove ekspresije. Stoga smatramo da su te tri varijante potencijalno klinički značajne. Računalna metoda za procijenu štetnosti 5' NTR varijanata pokazala se korisnom, posebno u sužavanju izbora varijanata koje treba eksperimentalno finkcionalno karakterizirati.
 
Vrsta resursa Unpublished conference/workshop items or lecture materials
PeerReviewed
 
Format (na primjer PDF) application/pdf
 
Jezik hr
croatian
 
Identifikator http://fulir.irb.hr/302/1/Ozretic_ZS3V_2011-poster.pdf
Ozretić, Petar ; Sabol, Maja; Diana , Car Računalno predviđanje utjecaja 5'-UTR varijanata gena BRCA2 na sekundarnu strukturu mRNA molekule. In: Znanstveni susreti 3. vrste (7 July 2011 - 8 July 2011) Zagreb, Hrvatska. (Unpublished)